Se trata de un edificio edificado en 1530 en torno a tres patios para albergar los tribunales civiles de la Orden de los Caballeros de San Juan. Mantuvo este uso hasta 1571, cuando los caballeros se trasladaron a La Valletta, tras el famoso asedio de 1565, y quedó vacío hasta que cuatro años después llegó a la isla el primer Inquisidor General y delegado apostólico, monseñor Pietro Dusina. El Gran Maestre se instaló en el palacio, que ya quedó como residencia oficial para los que vinieron detrás.

Tantos ocupantes sucesivos, como es lógico, fueron adaptando el edificio a sus gustos influidos por el barroco romano, de manera que llegó a presentar bastantes diferencias respecto a su aspecto original. Por eso las obras de restauración al que ha sido sometido tratan de devolverlo a sus formas originales en la medida de lo posible, consultándose para ello gran número de documentos de los archivos inquisitoriales y vaticanos. El resultado se puede apreciar especialmente en la sala de audiencias, la cocina y los calabozos.

No obstante, también resultan interesantes otras estancias como la gran sala de armaduras (con 63 modelos expuestos), los aposentos privados del Inquisidor o la capilla. Especialmente curiosa es la puerta de entrada por la que los reos debían pasar hacia el tribunal que debía juzgarlos: de una altura más bien baja, para que tuvieran que agachar la cabeza y humillarse. Pero también llaman la atención los graffitis que los presos inscribían en las paredes de sus celdas o el patio donde se llevaban a cabo las ejecuciones.

El Papa continuó nombrando inquisidores -lo hacía directamente- hasta que en 1798 las tropas de Napoleón conquistaron el archipiélago y abolieron la institución. Hoy en día es la sede del Museo Etnográfico, dedicado a las costumbres, folklore y valores religiosos de los malteses, presentando una apreciable colección de arte sacro (crucifijos, orfebrería, tallas), así como trajes tradicionales y otras piezas. Además, hay una exposición permanente sobre la Inquisición.